本課程乃基礎牙醫學應用於臨床牙醫學之重要橋樑課程，共分兩大部分。第一部分承續牙體形態學及解剖學，就口腔功能有關之牙齒咬合面形態及上下顎關係進行討論。第二部分為咀嚼系統機能障礙之討論。第一部分包含咬合型態的回顧，功能狀態之咬合，咬合觀念，咀嚼肌之肌-神經生理學，顎關節之構造與功能，口腔黏膜、顎關節、牙周組織及肌梭之向心回饋機轉。第二部分包含咀嚼功能障礙之定義、分類與診斷，口顏疼痛之機轉與形式，咬合與機能障礙的關係，心理與情緒狀況與機能障礙之關係，以及疼痛與機能障礙之治療方法，包括保守療法及第二階段療法等。本課程另有五週之實驗室課程，由取模，中心位置之取得，咬合器定位，至咬合分析，以期加深學生對咬合觀念之瞭解及分析咬合狀態之能力。